南阳市纪委机关与南阳市监察委合署办公，共有28个内设机构，分别为：办公室、组织部、宣传部、研究室、以案促改室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、党风政风监督室、第一监督检查室至第七监督检查室、第八审查调查室至第十三审查调查室、纪检监察干部监督室、网络管理室、信息管理室、综合事务管理室、机关党委、离退休干部工作室。下属1个事业单位：南阳市党员干部警示教育基地。
　　
　　实行统一管理的派驻机构33个，分别为：市纪委监委驻市委办公室纪检监察组、市纪委监委驻市委组织部纪检监察组、市纪委监委驻市委宣传部纪检监察组、市纪委监委驻市委统一战线工作部纪检监察组、市纪委监委驻市委政法委员会机关纪检监察组、市纪委监委驻市人大机关纪检监察组、市纪委监委驻市政府办公室纪检监察组、市纪委监委驻市发展和改革委员会纪检监察组、市纪委监委驻市教育局纪检监察组、市纪委监委驻市工业和信息化局纪检监察组、市纪委监委驻市公安局纪检监察组、市纪委监委驻市民政局纪检监察组、市纪委监委驻市司法局纪检监察组、市纪委监委驻市财政局纪检监察组、市纪委监委驻市人力资源和社会保障局纪检监察组、市纪委监委驻市自然资源和规划局纪检监察组、市纪委监委驻市生态环境局纪检监察组、市纪委监委驻市住房和城乡建设局纪检监察组、市纪委监委驻市交通运输局纪检监察组、市纪委监委驻市水利局纪检监察组、市纪委监委驻市农业农村局纪检监察组、市纪委监委驻市商务局纪检监察组、市纪委监委驻市文化广电和旅游局纪检监察组、市纪委监委驻市卫生健康委员会纪检监察组、市纪委监委驻市应急管理局纪检监察组、市纪委监委驻市审计局纪检监察组、市纪委监委驻市市场监督管理局纪检监察组、市纪委监委驻市人民防空办公室纪检监察组、市纪委监委驻市城市管理局纪检监察组、市纪委监委驻市林业局纪检监察组、市纪委监委驻市政协机关纪检监察组、市纪委监委驻市中级人民法院纪检监察组、市纪委监委驻市人民检察院纪检监察组。
　　
　　市委巡察工作领导小组办公室设在市纪委。
　　
　　第一至第五纪工委纳入市纪委统一管理。
　　
　　南阳市纪委监委内设机构职责
　　
　　（一）办公室。负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草市纪委监委有关综合业务文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等。
　　
　　（二）组织部。根据干部管理权限，负责全市纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导全市纪检监察系统干部教育培训工作等。
　　
　　（三）宣传部。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉政文化建设工作；负责机关的新闻事务、网络信息工作；负责市纪委监委官方网站管理等。
　　
　　（四）研究室。负责综合分析全市全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，组织开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿等。
　　
　　（五）以案促改室。负责组织协调全市以案促改工作；负责提出全市纪检监察系统制度建设规划、计划和建议；参与起草制定南阳市纪检监察有关规范性文件等。
　　
　　（六）信访室。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
　　
　　（七）案件监督管理室。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；负责向省纪委监委报告线索处置和案件查办工作；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查全市纪检监察机关依纪依法安全办案情况；承担市委反腐败协调小组办公室日常工作等。
　　
　　（八）案件审理室。负责审理市纪委监委直接审查调查和县（处）级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。
　　
　　（九）党风政风监督室。负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作等。
　　
　　（十）第一至第七监督检查室。主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系地方(单位)领导班子及市管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系地方(单位)党委(党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委(派驻、派出机构)落实纪检、监察责任，实施问责；承办涉嫌一般违纪问题线索处置；向监察对象所在单位提出监察建议；综合、协调、指导联系地方(单位)及其系统的纪检监察工作等。
　　
　　（十一）第八至第十三审查调查室。主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
　　
　　（十二）纪检监察干部监督室。负责监督检查全市纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
　　
　　（十三）网络管理室。负责规划、指导全市纪检监察系统网络建设；负责市纪委监委机关网络建设、大数据平台建设、网络安全及信息化工作等。
　　
　　（十四）信息管理室。负责执纪办案信息技术保障工作等。
　　
　　（十五）综合事务管理室。负责机关后勤管理和服务工作；负责机关及直属单位财务管理、国有资产管理、房管基建和安全保卫工作；负责机关及派驻机构涉案款物保管等。
　　
　　机关党委。负责机关、直属单位、派驻机构党群工作。
　　
　　离退休干部工作室。负责离退休干部工作。