商丘市纪委机关与商丘市监察委合署办公，共有27个内设机构，分别为：办公室、组织部、宣传部、机关党委、调研法规室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、申诉复查复议室、党风政风监督室、第一监督检查室至第八监督检查室、第九审查调查室至第十四审查调查室、纪检监察干部监督室、信息技术保障室、离退休干部工作室。下属1个事业单位：商丘市纪检监察宣传教育培训中心（市监察委员会留置管理中心）。实行统一管理的派驻机构32个。 

市委巡察工作领导小组办公室设在市纪委。